组学与统计
DESeq2 差异表达火山图
把变化幅度与统计显著性放在同一张图里，区分上调、下调和未达阈值的基因。
使用原创合成整数计数；设计为 batch + condition，FDR < 0.05，不代表真实实验发现。
研究示例 / RESEARCH OUTPUTS
从一个问题，
到看得见的成果。
图形让结果更直观，报告让过程可核对。
打开一份产物，看看研究如何被记录、解释与交付。
11张研究图形
8份 PDF 原文件
来自实际工具运行产物。
合成输入、模拟任务与方法限制
在各示例中分别标明。
精选图形 / 系统发育
把演化关系，
放在一张图里看。
用圆形树图组织输入序列，以颜色区分类群，同时保留节点支持度，便于从整体关系深入到具体分支。
- 方法
- IQ-TREE 最大似然推断
- 支持度
- UFBoot2 + BNNI，1,000 次
- 阅读方式
- 无根树；显示起点不代表祖先
46 条输入序列的无根最大似然树，以主要类群着色。
四张图来自不同输入或分组方案，请分别阅读；解释分支长度时需结合原始树文件。
01 / 研究图形
让分析结果，更容易阅读。
从数据分布到序列位点，
保留图例、坐标和解释范围。
02 / 分析与交付
结果之外，过程也值得打开。
在线阅读全部页面，
或下载未经修改的 PDF 原文件。
分子分析
乳酸对映体与乙醇：从性质到构象
比较 RDKit 理化描述符、含手性的指纹相似度与三维构象，说明每一步的输入、工具和解释范围。
方法报告相似度不代表结合活性或药效；二维图与三维计算分开说明。
单细胞
scANVI 注释与 Harmony 批次校正
从 48 个细胞 × 40 个基因的合成输入出发，核对概率表、嵌入图和输出文件。
合成数据 · 短轮训练scANVI 仅训练 2 轮，存在欠拟合；未评估生物学准确性或批次校正效果。
序列分析
合成序列的引物与设计候选
基于 180 bp 原创合成序列，整理引物、sgRNA 和 Golden Gate 候选及评分。
合成输入属于规则与热力学筛选，未做全基因组脱靶评估或实验验证。
基因组
DNAcopy 分段与坐标转换
在相对信号中识别分段，再用合成 chain 检查坐标转换和未映射情况。
合成数据test-v1 → test-v2 测试链，不是人类参考基因组转换或临床 CNV 诊断。
基因组
点位 Liftover：逐项核对映射结果
保留另一份独立报告，详细列出 180 个 bin 的分段、6 个点位的映射及解释限制。
合成数据 · 另一份运行报告相对 log2 信号不代表绝对拷贝数；歧义和未映射项保留在报告中。
组学与统计
基因集富集曲线
以 PDF 图形呈现富集曲线、基因命中位置与排序信息，供查看原始输出。
单页图形原 PDF 存在嵌入字体异常，部分标签显示不完整；原文件保留下载，统计解读需回看输入与检验设置。
开始自己的研究
把你的问题，带进工作台。
先说明输入、目标和交付格式；不确定怎样开始时，可以从手册中的第一个任务学起。